martes, 28 de febrero de 2012

Conclusión

De acuerdo con los objetivos planteados se llego a comprender la forma en que está organizado el genoma de los organismos y entender su funcionamiento, conocer los distintos grados de empaquetamiento del ADN y las distintas maneras en que el ADN se organiza en cromosomas, incluyendo virus, bacterias y eucariotas.

Llegando a la conclusión de que:

·       A medida que aumenta el número de exones aumenta la complejidad de los organismos

·       A medida que aumenta el ADN intergénico en los organismos estos se hacen más complejos.

·       Los intrones = exones - 1

·       Entre menos grado de complejidad hay entre organismos aumenta su adaptabilidad o eficacia del uso del ADN.

3.2.3 ADN MITOCONDRIAL

Los cromosomas de mitocondrias y cloroplastos poseen DNA, es de doble cadena y las mitocondrias presentan su propio ARNt y ARNr. Los cromosomas de los orgánulos contienen genes específicos de las funciones que lleva cabo el orgánulo. Las mitocondrias y cloroplastos probablemente se originaron por endosimbiosis de una procariota.

Las mitocondrias se encuentran en todos los seres eucariotas aerobios; contienen las enzimas para la mayor parte de las reacciones oxidativas que generan energía para las funciones celulares.

La estructura del genoma mitocondrial es circular como es el del genoma bacteriano. Se conocen algunos pocos casos de genomas mitocondriales de forma lineal.

No existen intrones en el genoma mitocondrial de animales, pero existen en el genoma mitocondrial de las plantas.

Existen muchas copias del genoma mitocondrial en cada mitocondria, las que se ubican en ciertas regiones llamadas nucleoides (ver figura 10). Si comparamos el ADN mitocondrial de muchos seres vivos haciendo énfasis en su complejidad podemos decir que: en animales el espacio del DNA intergénico entre genes es menor a diferencia del ADN nuclear, en hongos y plantas este espacio intergénico es mayor.   

1.3  ORGANIZACIÓN GENÓMICA VIRAL

Un virus es una partícula no viva que solo puede reproducirse así misma infectando una célula viva y modificando la maquinaria celular de la huésped para general una descendencia de partículas virales. Los virus están formados por una cubierta proteica y un núcleo central que contiene su genoma.

Se puede ver una enorme variedad de estructuras genómicas entre las especies de virus. Hay millones de diferentes tipos de virus;[] y únicamente alrededor de 5.000 de ellos han sido descritos detalladamente. Un virus tiene un genoma compuesto de ADN o bien de ARN, y reciben respectivamente los nombres de «virus ADN» y «virus ARN». La gran mayoría de virus utilizan el ARN.

Características

o  Genes solapados: una misma secuencia puede codificar distintas proteínas funcionales dependiendo del marco de lectura escogido.

o  Los genomas de DNA de doble cadena pueden ser lineales como los adenoviridae o circulares como los polyomaviridae.

o  En ciertos casos, los virus sintetizan enormes poliproteinas que posteriormente son escindidas enzimáticamente para dar lugar a varias proteínas funcionales.

o  El tamaño del genoma varía mucho entre especies.

En los virus ARN, el genoma a menudo está dividido en partes separadas dentro del virión, y se le califica de «segmentado». Cada segmento suele codificar una proteína y los segmentos suelen estar reunidos en una cápside.

Dotación genética de los virus

Ø  Los genomas monocatenarios consisten en un ácido nucleico no emparejado, similar a la mitad de una escalera de mano cortada por la mitad.

Ø  Los virus bicatenarios consisten en dos ácidos nucleicos emparejados y complementarios, similares a una escalera de mano entera. Algunos virus, como los Hepadnaviridae, contienen un genoma que es parcialmente bicatenario y parcialmente monocatenario.
Diversidad del genoma de los virus
Propiedad
Parámetros
Ácido nucleíco
  • ADN
  • ARN
  • Ambos ADN y ARN (Tanto ADN como ARN)
Forma
  • Lineal
  • Circular
  • Segmentada
Cadenas
  • Monocatenarias
  • Bicatenarias
  • Bicatenarias con regiones monocatenarias
Sentido
  • Sentido positivo (+)
  • Sentido negativo (−)
  • Ambos sentidos (+/−)

BIBLIOGRAFIA

v Página dedicada a la adquisición de conocimiento biológico y medico. (base de datos) 2004. http://www.cienciaybiologia.com/bgeneral/organizacion-material-genetico.htm
v Página dedicada a la adquisición de conocimiento de los alumnos de la universidad de panamá. (base de datos). http://es.scribd.com/doc/35561923/Recombinacion-transposicion
v Página dedicada a la adquisición de conocimiento. (base de datos). http://www.taringa.net/posts/info/942613/ADN.html
v Página dedicada a la adquisición de conocimiento biológico y medico. (base de datos) 2000. http://biologiamedica.blogspot.com/2010/09/los-virus-ciclo-litico-y-lisogenico.html
v Página dedicada a la adquisición de conocimiento biológico y medico. (base de datos) 2004. http://cienciadelatierra.wordpress.com/especiales/formas-acelulares/transposones/
v Helena Curtis, Sue James, Adriana Schnek. Biología, editorial médica panamericana, séptima edición.


3.1.3.3 TRANSPOSONES (RESUMEN)

Figura 7
Los descubre Barbará Mc Clintock en la década de los 50´s, en el genoma del maíz. Son elementos del genoma del maíz que tenían la capacidad de movilizarse favoreciendo la aparición de determinados fenotipos.
Los transposones son fragmentos de DNA que pueden pasar de un cromosoma a otro sin una etapa de existencia independiente (ver figura 7).

En las células eucariontes y procariontes, ciertos fragmentos de ADN también pueden pasar de un cromosoma a otro sin una etapa de existencia independiente. Se trata de los transposones.

En las bacterias los transposones, junto con los episomas y los profagos, se encuentran como fragmentos de DNA integrados al DNA cromosómico. Sin embargo, difieren de los episomas de los profagos en su modo de incisión y escisión del cromosoma bacteriano.

Los transposones contienen un gen que codifica la enzima transposasa que cataliza el corte y la posterior inserción del transposon en un nuevo sitio al azar. Además de cada extremo tiene una secuencia repetida de nucleótidos.  Esta secuencia puede consistir en una repetición directa de nucleótidos, o en repeticiones invertidas.

Se conocen dos clases de transposones:

Transposones simples: también llamados secuencias de inserción, tienen entre 600 y 1500 pb y solo llevan genes esenciales para la transposición. También contienen secuencias promotoras que pueden conducir a la iniciación inapropiada de la transcripción de genes del cromosoma.

Transposones compuestos: son de tamaño mucho mayor que los transposones simples y llevan genes que codifican proteínas adicionales. También pueden provocar mutaciones.  

3.2 ORGANISMOS EUCARIÓTICOS

En los organismos eucarióticos, la mayoría de los genes se encuentran en grupos de cromosomas del núcleo. A diferencia de los procariotas que presentan ADN circular y en algunos casos lineales, en los organismos eucarióticos el ADN es lineal.

Se clasifican como:

o  Diploides (dos series de cromosomas en el núcleo).

o  Haploides (1 sola serie de cromosomas en el núcleo).

La letra n se utiliza para designar el número de cromosomas de un genoma nuclear de un organismo, la condición diploide es 2n y la haploide n.

Las condiciones 3n, 4n, 5n, etc.à poliploides.

3.2.1 ADN LINEAL Y EMPAQUETAMIENTO

Estructura del ADN en los organismos eucariotas es lineal y se encuentra en un grado de empaquetamiento formando cromosomas, al modo que una sola célula contiene alrededor de 2m de ADN y esto equivale aproximadamente a 20, 000 000´000 000m de ADN. Ello significa que el DNA de nuestro cuerpo podría extenderse hasta el sol y volver casi 100 veces!    

3.2.1.1 HISTONAS

Dicho empaquetamiento ocurre en el núcleo donde el DNA se condensa en 46 cromosomas, todo ello en un núcleo de 0,006 mm de diámetro.

Al microscopio los cromosomas aparece como fibras de 30 nm de diámetro, o que indica que la molécula de DNA debe estar muy plegada.

Las histonas son proteínas asociadas al DNA para el empaquetamiento del mismo.

 Existen diferentes tipos de histonas:

§  H2A.

§  H2B.

§  H3.

§  H4.

DNA + proteínasà cromatina

3.2.1.2 SOLENOIDES

El DNA (asociado a las histonas) da dos vueltas alrededor de cada octamero de los nucleosomas, el nucleosoma es una forma distendida, de una forma muy enrollada denominado solenoide (30 nm) (ver figura 8), el solenoide mantiene su forma mediante otra histona H1.

Para conseguir el primer nivel de empaquetamiento el DNA se enrolla alrededor de las histonas, que actúan, como bobinas de un hilo, un nuevo enrollamiento genera la conformación del solenoide.
Figura 8

3.2.1.3 CROMOSOMAS

Los cromosomas se encuentran muy enrollados, si un solenoide tiene de diámetro 30 nm, un cromosoma condensado tiene 700 nm. Para esto el solenoide se enrolla sobre un esqueleto proteico compuesto de la enzima topoisomerasa II, que es capaz de pasar una cadena de DNA a través de otra.

En los niveles sucesivos de empaquetamiento cromosómico (ver figura 9):

1.     El DNA se enrolla sobre los nucleosomas que actúan como bobinas de hilo.

2.     Los nucleosomas se enrollan formando un solenoide.

3.     El solenoide forma lazos anclados a un esqueleto central.

4.     El esqueleto unido a los lazos se dispone como un solenoide gigante.
Figura 9
3.2.2 COMPLEJIDAD DEL GENOMA
Un gen es una región de DNA cromosómico que puede trascribirse en una molécula de RNA funcional en el momento y lugar adecuados del proceso de desarrollo de un organismo. Para que esto ocurra un extremo de un gen contiene una región reguladora, es decir un segmento de DNA con una secuencia especifica de nucleótidos que le permita recibir y responder a señales de otras partes del genoma o del ambiente celular. En el otro extremo del gen existe una región encargada de terminar la trascripción.
Los genes se diferencian unos de otros por su función y por su tamaño, pero en la mayoría de ellos puede observarse una serie de rasgos topológicos comunes.
Las principales regiones de un gen son:
Ø  Intrones: encuentran intercalados en la región transcrita del gen, no contienen información para la formación del producto génico correspondiente.
Ø  Promotor
Ø  Gen
Ø  ADN intergénico
Ø  Exones: es la región codificante es decir que este se convierte en ARN y posteriormente en  proteínas.  
En resumen:
Los genes se encuentran rodeados de mas DNA
Los análisis de secuencia han demostrado que hay DNA entre los genes, de función desconocida la mayor parte. El tamaño y la naturaleza de este DNA dependen del genoma. En hongos, este DNA intergénico es pequeño, pero en mamíferos es muy grande.
Desde un punto de vista conceptual, en algún lugar entre los propios genes y estas regiones intergénicas existen secuencias de DNA que pueden estar bastante alejadas de un gen pero que afectan su regulación. Pueden ser considerarse parte de la unidad funcional del gen, incluso aunque estén separados por largos tramos de DNA que no tienen nada que ver con el gen en cuestión.
En muchas eucariotas, el DNA que está entre los genes puede ser de tipo repetitivo, consistente en varios tipos de diferentes de unidades que se repiten a través del genoma. El DNA repetitivo también puede encontrase dentro de los intrones. La cantidad de DNA repetitivo varía entre diferentes especies e incluso existen variaciones del número de repeticiones dentro de una especie. La función del DNA repetitivo es todavía un misterio.
 El tamaño del genoma: se mide en unidades formadas por miles de pares de bases (llamados kilobase, kb) y en millones de pares de nucleótidos (megabases, mb).

domingo, 26 de febrero de 2012

Unidad 3


SEP                      SNEST                      DGEST



INSTITUTO TECNOLOGICO DE CD. ALTAMIRANO GRO










UNIDAD III

ORGANIZACIÓN DEL MATERIAL GENETICO





QUE PRESENTA:



MA. EVELYN REYNOSO PADILLA



NUMERO DE CONTROL:



09930079



LIC: BIOLOGIA





CIUDAD ALTAMIRANO, GRO. MÉXICO. FEBRERO DEL 2012




INTRODUCCION

El material genético se compacta en un área discreta de la célula formando los cromosomas. Éstos se encuentran en los virus, células procariotas, en el núcleo de células eucariotas y en cloroplastos y mitocondrias.

MATERIAL GENÉTICO EN VIRUS

La mayoría de los virus, presenta un sólo cromosoma formado por ADN o ARN que puede ser unicatenario, bicatenario, lineal o circular.

Los fagos de bacterias están rodeados por una cubierta de proteínas e inyectan su cromosoma al interior de la bacteria. El cromosoma del virus puede seguir dos rutas dependiendo del tipo de fago que sea:

ü  Ciclo lítico

ü  Ciclo lisogénico

MATERIAL GENÉTICO EN BACTERIAS.

El cromosoma bacteriano se compacta formando una estructura llamada nucleoide. Es un cromosoma circular y bicatenario formado por ADN, ARN y proteínas básicas. Se produce una interacción entre el ADN cargado positivamente y las proteínas cargadas negativamente.

Junto al cromosoma se pueden encontrar plásmidos.

ü Plásmidos

Son elementos extracromosómicos, moléculas pequeñas de ADN que están libres en el citoplasma. Los plásmidos llevan información genética y se replican dando lugar a nuevos plásmidos que se incorporan a las células hijas en la división celular. Algunos de ellos pueden integrarse en el cromosoma. Los plásmidos pueden tener funciones diversas y algunos de ellos son plásmidos R, Col, y el factor F cuando está en estado citoplásmico.

ü Súper enrollamientos

Los súper enrollamientos se producen en los plásmidos, los ADN circulares y los ADN lineales que no pueden girar sobre uno de sus extremos. Existen dos tipos de súper enrollamientos, los positivos y los negativos. Los positivos enrollan más el dúplex, con lo que las bases están más apretadas (hay más pares de bases por vuelta) (el dúplex se gira a la derecha). Los negativos desenrollan más el dúplex, las bases están por tanto más separadas (hay menos pares de bases por vuelta) (el dúplex se gira a la izquierda).

Dos formas de un ADN circular que difieran únicamente en una propiedad topológica (como es que esté más o menos superenrollado) son topoisómeros ya que no cambia su composición en pares de bases, etc.

Esto tiene mucho que ver sobre todo para el empaquetamiento del ADN en eucariotas y también en procariotas.

DIFERENCIAS ENTRE EUCARIOTAS Y PROCARIOTAS.

La diferencia fundamental está en la cantidad de ADN que es inferior en procariotas que en eucariotas como por ejemplo: en E. coli el ADN mide 1.3 mm y tiene 4.2 Mb mientras que una célula humana tiene 1.8 mm y 6000 Mb pero si hay 10 elevado a 13 células, el ADN humano mide 2 x 10E13 m.

El cromosoma eucariótico.

Los cromosomas se encuentran en el núcleo celular separados del resto de la célula por la membrana nuclear. Un cromosoma tiene tres partes fundamentales: centrómero, telómero y los brazos.

ü Organización del cromosoma eucariótico

En células eucarióticas que no se haya sometidas a división celular el cromosoma recibe el nombre de cromatina. La cromatina consiste en fibras que contienen proteínas, ADN (en cantidades muy parecidas) y una pequeña porción de ARN. Las proteínas que se asocian al ADN son básicas y se llaman histonas. Las histonas que participan son H1, H2A, H2B, H3 y H4. Ahora pondré por orden de empaquetamiento los diferentes niveles, desde el primero hasta el último Sucesivamente.

ü  Primer nivel: nucleosoma

Esta estructura vista al microscopio se ve como si fuera un collar de perlas del que las cuentas son los nucleosomas.

El nucleosoma está formado por un octámero de histonas en el que hay dos subunidades de las histonas H2A, H2B, H3 y H4. Alrededor de este octámero se arrolla el ADN con dos vueltas. El espaciamento entre las cuentas está formado por ADN que se llama ADN puente. El nucleosoma mide 6 nm. Los nucleosomas se vuelven a organizar con la ayuda de la histona H1 habiendo una por cada nucleosoma.

ü  Segundo nivel: fibra de 30 nm.

El nucleosoma que contiene H1 se pliega en una conformación en zigzag cuya aparien-cia sugiere que los nucleosomas interaccionan mediante contactos entre sus moléculas H1. Esta fibra que se forma tiene 30 nm de espesor, en el que se aprecian los nucleosomas. Las histonas H1 se disponen de manera que forman el eje central sobre el que se arrollan los nucleosomas. Por cada vuelta de la espiral que forma esta fibra hay seis nucleosomas. A este arrollamiento de los cromosomas sobre sí mismos se le llama solenoide.

ü  Tercer nivel: fibra de 200 nm.

Si eliminamos las histonas del cromosoma en metafase mitótica se puede ver que los cromosomas tienen un esqueleto central densamente teñido. Desde este esqueleto se proyectan lazos de ADN que comienzan y acaban en el esqueleto. Este esqueleto central está compuesto por la enzima topoisomerasa II (enlazan o desenlazan nudos o lazos en una cadena) en el que parece haber regiones especiales llamadas regiones de unión al esqueleto o SAR.

ü  Cuarto nivel: cromosoma

Se produce por el arrollamiento de la fibra de 200 nm sobre sí misma.

OBJETIVOS

Q     Comprenderá la forma en que está organizado el genoma de los organismos para entender su funcionamiento

Q     Relacionará los distintos grados de empaquetamiento con las distintas etapas del ciclo celular.

Q     Discutirá las distintas maneras en que el ADN se organiza en cromosomas, incluyendo virus, bacterias y eucariotas.


METODOLOGIA

Los apuntes de clase de esta unidad serán conforme lo marca el temario, las investigaciones y las tareas se anexaran de acuerdo a la fecha de entrega o si es posible acorde el temario, la bibliografía la expondré al final de la unidad.

DESARROLLO

3.1 ORGANISMOS PROCARIÓTICOS

Los organismos procarióticos poseen una organización genética no muy compleja, dividiéndose en ADN cromosómico y ADN plasmático (ver figura 1).

v Características del ADN cromosómico


·       5Mb, el ADN es en forma circular*.

·       El espacio intergénico es pequeño.

·       Se organiza en un nucleoide*.
Figura 1

*En algunos organismos puede ser lineal.

* Cromosoma circular superenrollado.

v Características del ADN plasmático.

·       Tamaño aproximado 5kb.

·       Poseen genes ventajosos que les confieren resistencia a antibióticos.

·       Se replica así mismo.

·       Este ADN está obligado a vivir dentro siempre de la bacteria.

3.1.1 ADN CIRCULAR

El ADN circular puede encontrarse en forma relajada o en forma superenrollada. En la forma relajada, el círculo se halla desplegado sobre un único plano; en la forma superenrollada el contorno del círculo va girando sobre sí mismo de manera tal que adquiere profundidad (ver figura 2).

El genoma de los organismos procariotas generalmente es de forma circular, habiendo unas excepciones como la bacteria Borrelia burgdorfei, cuyo cromosoma es una cadena lineal. La mayoría de los procariontes está formada por un único cromosoma, cuyos genes se encuentran muy agrupados, con espacio intergénico pequeño e intrones muy escasos.
Figura 2

3.1.2 PROTEÍNAS ASOCIADAS

El DNA en bacterias se  organiza en un nucleoide (ver figura 3), que se forma por un súperenrollamiento causado por proteínas. Por ejemplo, en E.coli existen una serie de proteínas relacionadas con el empaquetamiento del DNA que reciben el nombre de proteínas similares a histonas por ejemplo: histone-like nucleoid structuring protein (H-NS), integration host factor (IHF) etc.
Figura 3 

Dichas proteínas tienen un bajo peso molecular y los genes que las codifican existen en múltiples copias, sin embargo su similitud con las histonas de los eucariotas es muy baja (a excepción de las proteínas HU). Estas proteínas posiblemente son capaces de remodelar el grado de compactación del DNA del nucleoide, influyendo sobre la expresión génica. (Ver figura 4).
Figura 4

3.1.3 ADN EXTRACROMOSÓMICO

Se denomina ADN extracromosómico a elementos como plásmidos, Bacteriófagos atemperados, etc.

§  Libres o unidos al cromosoma (episomas).

§  Propiedades importantes pero no esenciales para la vida bacteriana.

§  Replicación independiente del núcleo.

§  Transferencia a otras células o herencia a células hijas.

§  Contienen información para su replicación y proteínas reguladoras.


3.1.3.1 PLÁSMIDOS

Los plásmidos son moléculas de ADN extracromosómico circular o lineal que se replica y transcribe independientemente del ADN cromosómico. Presentes normalmente en bacterias, y en algunas ocasiones en organismos eucariotas, como las levaduras.

Ø Su tamaño varía desde 1 a 250 kb.

Ø El número de plásmidos puede variar, dependiendo de su tipo, desde una sola copia hasta algunos cientos por célula.

Ø El término plásmido fue presentado por primera vez por el biólogo molecular norteamericano Joshua Lederberg en 1952.[]

Ø Las moléculas de ADN plasmídico, adoptan una conformación tipo doble hélice al igual que el ADN de los cromosomas, aunque, por definición, se encuentran fuera de los mismos. 

Ø Los plásmidos no tienen proteínas asociadas.

En general, no contienen información esencial, sino que confieren ventajas al hospedador en condiciones de crecimiento determinadas. (Genes de resistencia a un determinado antibiótico).

Hay algunos plásmidos integrativos, es decir, que tienen la capacidad de insertarse en el cromosoma bacteriano (ver figura 5). Estos rompen momentáneamente el cromosoma y se sitúan en su interior, con lo cual, automáticamente la maquinaria celular también reproduce el plásmido. Cuando ese plásmido se ha insertado se les da el nombre de episoma.
Figura 5


3.1.3.2 BACTERIÓFAGOS

Los bacteriófagos son virus que infectan y lisan bacterias.

El cromosoma del virus puede seguir dos rutas dependiendo del tipo de fago que sea:

ü  Ciclo lítico.

Puede resumirse en los siguientes pasos:

  1. Acoplamiento
  2. Síntesis de proteínas y ácidos nucléicos.
  3. Ensamblaje
  4. Liberación de los fagos

ü  Ciclo lisogénico. (Ver figura 6).
Figura 6